Hội An ra đời vào khoảng nửa cuối thế kỷ XVI, thời nhà Lê. Lịch Sử Hình Thành Và Phát Triển Của Phố Cổ Hội An từ năm 1527, Mạc Đăng Dung giành ngôi nhà Lê, vùng Đông Kinh thuộc quyền cai quản của nhà Mạc. Năm 1533, Nguyễn Kim nhân danh nhà Lê tập hợp binh sĩ chống lại nhà Mạc. Sau khi Nguyễn Kim chết năm 1545, người con rể Trịnh Kiểm nắm giữ quyền hành, dòng họ Nguyễn Kim bị lấn át. Năm 1558, người con thứ của Nguyễn Kim là Nguyễn Hoàng cùng gia quyến và một số binh lính lui về cố thủ ở vùng Thuận Hóa và từ sau năm 1570, Nguyễn Hoàng tiếp tục nắm quyền trấn thủ Quảng Nam. Cùng với con trai là Nguyễn Phúc Nguyên, Nguyễn Hoàng xây dựng thành lũy, ra sức phát triển kinh tế Đàng Trong, mở rộng giao thương buôn bán với nước ngoài và Hội An trở thành thương cảng quốc tế sầm uất bậc nhất khu vực Đông Nam Á thời kỳ đó. 

Lịch Sử Hình Thành Và Phát Triển Của Phố Cổ Hội An

Thế kỷ XVII, trong khi vẫn tiếp tục cuộc chiến với chúa Trịnh ở miền Bắc, chúa Nguyễn không ngừng khai phá miền Nam. Trên những vùng đất do chúa Nguyễn cai quản, có những khu phố nước ngoài hình thành dựa trên một số luật lệ nhằm bảo hộ cho các hoạt động thương mại của người ngoại quốc. Vào năm 1567, triều đình nhà Minh của Trung Quốc từ bỏ chủ trương bế quan tỏa cảng, cho thuyền buôn vượt biển giao thương với các quốc gia vùng Đông Nam Á, nhưng vẫn cấm xuất khẩu một số nguyên liệu quan trọng sang Nhật Bản. Điều này đã bắt buộc Mạc phủ Toyotomi rồi Mạc phủ Tokugawa cấp phép cho các thuyền buôn Châu Ấn sang mở rộng quan hệ thông thương với Đông Nam Á và mua lại hàng hóa Trung Quốc từ các quốc gia đó. Những con tàu Châu Ấn bắt đầu xuất dương từ năm 1604 dưới thời Mặc phủ Tokugawa, cho tới năm 1635, khi chính sách đóng cửa được ban bố, đã có ít nhất 356 con tàu Châu Ấn ra đời. Nơi thuyền Châu Ấn đi qua nhiều nhất chính là cảng Hội An. Trong vòng 30 năm, 75 con tàu Châu Ấn đã cập cảng nơi đây, so với 37 con tàu cập bến Đông Kinh, khu vực do chúa Trịnh cai trị. Các thương nhân người Nhật khi đó tới bán những đồ đồng, tiền đồng, sắt, đồ gia dụng... và mua lại đường, tơ lụa, trầm hương...

Lịch Sử Hình Thành Và Phát Triển Của Phố Cổ Hội An

Khoảng năm 1617, phố Nhật Bản ở Hội An được hình thành và phát triển cực thịnh trong đầu thế kỷ XVII. Qua bức họa Giao Chỉ quốc mậu dịch độ hải đồ của Chaya Shinroku, có thể thấy khu phố người Nhật với những công trình kết cấu gỗ hai, ba tầng. Thuyền trưởng người Hà Lan Delft Haven ghi lại năm 1651, Hội An khi đó có khoảng 60 căn nhà của người Nhật nơi dọc bờ sông, nhà cửa xây bằng đá để tránh hỏa hoạn, nằm sát vách nhau. Nhưng khoảng thời gian tiếp sau, do chính sách bế quan của Mạc phủ Tokugawa cũng những chính sách đàn áp người Nhật Công giáo của chúa Nguyễn, khu phố Nhật ở Hội An dần bị lu mờ. Mặc dù vẫn còn một số nhỏ người Nhật định cư lại đây nhưng người Hoa dần thay thế vai trò của người Nhật trong việc buôn bán. 
Khác với người Nhật, những người Hoa biết đến Hội An từ rất sớm, những thương nhân Trung Hoa tới buôn bán vì các tỉnh miền Nam của Trung Quốc rất cần các mặt hàng muối, vàng, quế... Mặc dù vậy, trong suốt thời kỳ tiền Hội An, người Hoa chỉ tới buôn bán rồi trở về, không ở lại định cư, lập phố xá. Phải sau loạn Minh Thanh xảy ra khoảng giữa thế kỷ XVII, đặc biệt sau khi nhà Minh bị thất thủ, rất nhiều người Hoa di cư tới miền Trung nước ta xây dựng nên nhiều cộng đồng Minh Hương Xã. Tại Hội An, người Hoa tới lưu trú ngày một nhiều và thế chân người Nhật nắm quyền buôn bán. Cảng thị Hội An khi đó là nơi tập trung nhiều nhất hàng hóa ngoại quốc. Khu phố dọc bờ sông, được gọi khu Đại Đường, kéo dài 3, 4 dặm. Các cửa hàng hai bên phố không khi nào rảnh rỗi. Dân cư ở đây phần lớn là người Phúc Kiến, mọi người ăn vận theo trang phục của nhà Minh. Nhiều người Trung Quốc tới định cư để buôn bán đã kết hôn với những phụ nữ bản địa. Bên cạnh những người Hoa nhập quốc tịch Việt Nam, nhiều người Hoa khác vẫn giữ quốc tịch Trung Quốc mà người Việt thường gọi là Khách trú. Năm 1695, sứ giả người Anh Thomas Bowyear của Công ty Đông Ấn Anh đến đàm phán với chúa Nguyễn về việc xây dựng một khu cư trú tại Hội An. Việc thương thảo tuy không thành, nhưng cũng đã để lại một ghi chép: "Khu phố Faifo này có một con đường nằm sát với sông. Hai bên đường có khoảng 100 ngôi nhà xây dựng san sát nhau. Ngoại trừ khoảng bốn năm ngôi nhà là của người Nhật còn lại toàn bộ là của người Hoa. Trước kia, người Nhật đã từng là cư dân chủ yếu của khu phố này và là chủ nhân phần lớn của các hoạt động thông thương ở bến cảng Hội An. Bây giờ, vai trò thương nghiệp chính đã chuyển sang cho người Hoa. So với thời kỳ trước thì không được sầm uất, nhưng hàng năm ít nhất cũng có từ 10 đến 12 tàu của các nước Nhật Bản, Quảng Đông, Xiêm, Campuchia, Manila, và có cả tàu của Indonesia cũng đến cảng thị này". 

Lịch Sử Hình Thành Và Phát Triển Của Phố Cổ Hội An

Thế kỷ XVIII, khi cuộc khởi nghĩa Tây Sơn diễn ra ở miền Nam, chúa Trịnh đánh chiếm Quảng Nam dinh năm 1775, cảng thị Hội An rơi vào cảnh chiến tranh loạn lạc. Sau khi chiếm được Hội An, quân Trịnh đã triệt phá những nhà cửa thuộc khu vực thương mại, chỉ để lại các công trình tín ngưỡng. Nhiều nhân vật quan trọng của dòng họ Nguyễn cùng những thương gia người Hoa giàu có đã di cư vào miền Nam, mang theo của cải và lập nghiệp tại Sài Gòn - Chợ Lớn, để lại một Hội An điêu tàn, đổ nát. Năm 1778, một người Anh Charles Chapman đi qua đây sau thời Tây Sơn đã ghi lại: "Khi tới Hội An, thành phố lớn này chẳng còn lại là bao những khu phố được quy hoạch quy củ với những ngôi nhà xây bằng gạch, đường lát đá mà chỉ thấy một cảnh hoang tàn làm cho ta cảm thấy xót xa. Trời ơi, những công trình ấy bây giờ chỉ còn đọng lại trong ký ức mà thôi‛. Khoảng 5 năm sau, cảng thị Hội An mới dần dần hồi sinh, hoạt động thương mại được phục hồi nhưng không được như trước. Người Việt cùng người Hoa cùng xây lại thành phố từ những đống đổ nát cũ, những ngôi nhà mới mọc lên theo kiến trúc của họ và vô tình, dấu vết của khu phố Nhật Bản đã bị xóa đi mãi mãi. 

Lịch Sử Hình Thành Và Phát Triển Của Phố Cổ Hội An

Thế kỷ XIX, cửa sông Cửa Đại ngày càng bị thu hẹp lại và con sông Cổ Cò cũng bị phù sa bồi lấp, khiến các thuyền lớn không còn ghé được cảng Hội An. Bên cạnh đó, triều đình nhà Nguyễn cũng thực hiện chính sách đóng cửa, hạn chế quan hệ với nước ngoài, đặc biệt các quốc gia phương Tây. Từ đó, Hội An dần suy thoái, mất đi vị thế cảng thị quốc tế quan trọng. Mặc dù vậy, với vai trò một trung tâm thương nghiệp lớn, thành phố vẫn được phát triển, những con đường mới về phía Nam dòng sông được xây dựng và các khu phố được mở rộng thêm. Năm Minh Mạng thứ 5, nhà vua có qua Hội An, nhận thấy nơi đây không còn sầm uất như xưa, nhưng vẫn hưng thịnh hơn các thị trấn khác của người Việt. Năm 1888, khi Đà Nẵng trở thành nhượng địa của Pháp, nhiều người Hoa tới đó để bỏ vốn lập các cơ sở vận tải, thương mại, một số khác tiếp tục duy trì hoạt động kinh doanh ở cả Hội An và Đà Nẵng. Nhưng do giao thông đường thủy ngày càng trở nên khó khăn, cùng với chính sách phát triển Đà Nẵng của người Pháp, hoạt động thương nghiệp ở Hội An dần bị đình trệ. Mặc dù vậy, phần lớn các kiến trúc nhà ở trong khu phố cổ, các hội quán còn lại đến ngày nay đều có hình dáng được tạo nên từ giai đoạn này. 
Đầu thế kỷ XX, tuy mất đi vai trò cảng thị quan trọng, hoạt động buôn bán ở Hội An chưa khi nào chấm dứt và nơi đây vẫn là thị xã, thủ phủ của tỉnh Quảng Nam. Khi tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng được thành lập vào năm 1976, thành phố Đà Nẵng trở thành tỉnh lỵ của tỉnh mới, Hội An rơi vào một thời kỳ bị quên lãng. Chính nhờ sự thay đổi vai trò trong lịch sử, cộng với nhiều yếu tố khác nên Hội An đã may mắn tránh được sự biến dạng của quá trình đô thị hóa mạnh mẽ ở Việt Nam trong thế kỷ 20. Từ thập niên 1980, Hội An bắt đầu nhận được sự chú ý của các học giả Việt Nam, Nhật Bản và phương Tây. Tại kỳ họp lần thứ 23 từ 29/11 đến 4/12/1999 ở Marrakech, Tổ chức Giáo dục Khoa học và Văn hóa Liên Hiệp Quốc đã ghi tên Hội An vào danh sách các di sản thế giới. Đô thị cổ Hội An dần phồn vinh trở lại nhờ những hoạt động du lịch.